Здравствуйте, Валентина! Да, Вас могут уволить. Начнём с того, что Вам не следовало писать заявление на отпуск без сохранения зарплаты, если он Вам был не нужен. Так же не следует писать заявление на увольнение по собственному желанию, если этого желания у Вас нет. Тот сотрудник, которого взяли на работу в Ваше отсутствие, не может занимать Вашу должность без Вашего увольнения. Скорее всего, он был принят на другую должность или на такую же, но не Вашу. Но, поскольку Вас "отпустили" на 90 дней, а теперь просят уволиться, то я рекомендую Вам договориться с руководством об увольнении по соглашению сторон с дополнительной выплатой определённой суммы "отступных" (помимо компенсации за неиспользованный отпуск). И поскорее найти себе другое рабочее место!